W strukturze organizacyjnej Spółki funkcjonują następujące komórki i stanowiska organizacyjne:
 
1. Biuro Zarządu (NZ),
2. Dział Kadr i Płac (NP),
3. Dział Środowiska i Obsługi Klienta (NT),
4. Dział Finansowo - Księgowy (NK),
5. Z-ca Dyrektora ds. Eksploatacji (NE),
6. Stacja Przeładunkowa "Pasłęk" (ESP),
7. Dział Utrzymania Ruchu (EE),
8. Dział Sortowni (ES),