1. Biuro Zarządu (NZ),
2. Dział Kadr i Płac (NP),
3. Dział Środowiska i Obsługi Klienta (NT),
4. Dział Finansowo - Księgowy (NK),
5. Z-ca Dyrektora ds. Eksploatacji (NE),
6. Stacja Przeładunkowa "Braniewo" (ESB),
7. Stacja Przeładunkowa "Pasłęk" (ESP),
8. Dział Utrzymania Ruchu (EE),
9. Dział Sortowni (ES),